Официально днём организации кафедры ботаники в Уральском лесотехническом институте считается 12 августа 1941 г. (приказ № 115 от 19 августа 1941 г.). Первоначально она называлась кафедрой биологических наук, а с февраля 1942 г. - ботаники и дендрологии.
С 1942 по 1944 гг. кафедрой заведовал Владимир Николаевич Сукачев, организовавший на Урале работы по изучению озер и залежей сапропеля. В эти годы В.Н. Сукачев разрабатывает новое направление в ботанической науке - биогеоценологию. В 1943 г. за совокупность работ по изучению растительности Советского Союза В.Н. Сукачев был избран академиком АН СССР.
С 1945 г. кафедрой заведовал Павел Леонидович Горчаковский. Будущему академику РАН было тогда 25 лет. В течение 15-ти лет (1945-1959 гг.) он проводит ботанико-географические экспедиции.
В 1946 г. на кафедру приходит работать Леонид Иванович Вигоров. В 1949-1950 гг. он организован учебно-опытный сад, ныне Уральский сад лечебных культур им. Л.И. Вигорова. В 1956 г. Л.И. Вигоров создает научную биохимическую лабораторию, позже названную Лабораторией биологически активных веществ (БАВ).
С 1977 по 1980 г. кафедрой заведовал доктор биологических наук, профессор А.В. Хохрин, с именем которого связано становление и развитие стереобиологии древесных растений.
В 1981 году исполнял обязанности заведующего кафедрой доцент В.А. Крючков. Далее с 1982 по 1986 гг. кафедрой заведовал доцент В.М. Соловьёв, а затем в период с 1986 по 1988 гг. - доцент А.П. Петров. Все эти годы на кафедре продолжались работы по интродукции и размножению плодово-ягодных и декоративных растений.
Кафедра защиты леса организована по приказу министра высшего и среднего специального образования РСФСР № 199 от 26 апреля 1972 г. и начала работу 1 сентября 1972 года. Заведовал кафедрой профессор Дмитрий Андреевич Беленков. В первый состав кафедры входили доцент Е.В. Мельников, старшие преподаватели: В.Н. Созонова, А.П. Данилова, Л.К. Казанцева, ассистент В.К. Смирнова, ст. лаборант Е.Н. Юрчикова.
После объединения кафедры защиты леса с кафедрой ботаники и дендрологии в 1988 г. новой кафедре дали название ботаники и защиты леса. Проф. Д.А. Беленков заведовал ей до 1992 г. С 1992 по 1997 гг. кафедрой руководил доцент С.Э. Сычугов, а с 1998 по 2007 г. кафедрой заведовал кандидат биологических наук, доцент А.Я. Зюсько. В этот период сотрудниками кафедры были разработаны проекты организации национальных парков "Таганай" на Южном Урале, "Конжаковский Камень" на Северном Урале, "Бельсу" в Кемеровской области (Кузнецкий Алатау). Также кафедра активно участвовала в Российско-Швейцарском проекте «Лесоводственно-экологические исследования по лесовосстановлению на ветровальниках Урала», по которому проводились исследования живого напочвенного покрова, дереворазрушающих грибов, различных групп насекомых и мышевидных грызунов. Доц. Ю.Е. Михайлов развернул исследования по систематике и экологии жуков-листоедов гор Урала и Сибири, мониторингу горного биоразнообразия, экологии хвоелистогрызущих насекомых. Эти исследования частично проводились в рамках международных программ ALPNET, GMBA DIVERSITAS, GLORIA и в сотрудничестве с университетами Испании, Бельгии, Великобритании.
С 2007 по 2013 гг. кафедрой заведовал доктор сельскохозяйственных наук А.П. Кожевников, который большое внимание уделял работам на новой территории УСЛК.
С ноября 2013 г. по 2019 г. кафедрой заведовал доктор биологических наук Ю.Е. Михайлов.
С 1 января 2015 г. кафедра ботаники и защиты леса (БиЗЛ) переименована в кафедру Экологии, природопользования и защиты леса (ЭПЗЛ) (приказ № 250-А от 27 ноября 2014 г.).
С 01.09.2019 г. приказом врио ректора УГЛТУ Платоновым Е.П. путем реорганизации кафедры лесных культур и биофизики и кафедры экологии, природопользования и защиты леса была организована кафедра экологии и природопользования.